Le village de Murviel est attesté dès le XI^e siècle sous le toponyme Muro Vetulo (1031 et 1060) puis Muro Veteri (en 1149 et 1150), issu du pluriel latin muri vetuli qui signifie « vieux murs » en référence aux ruines de l’oppidum gaulois.

Face au site antique d’Altimurium, le castrum (village fortifié) de Murviel est édifié autour d’un château-fort datant du XI^e-XII^e siècle mais vraisemblablement établi sur des vestiges antérieurs (présence de tombes) peut-être du Haut Moyen Âge.  Appartenant à un certain Aeneas mentionné dans le cartulaire de Gellone en 1107, le château passe ensuite aux mains d’une famille seigneuriale, les Aton (ou Athon), vassale des Guilhem, seigneurs de Montpellier qui cherchaient alors à exercer leur pouvoir sur tous les territoires à l’ouest de Montpellier afin d’étendre leur seigneurie et garantir leur sécurité jusqu’à la vallée de l’Hérault.

Au XIIIe siècle, alors propriété de Jacques Ier d’Aragon, la seigneurie de Murviel est cédée à l’évêque de Maguelone, Béranger de Frédol, par un accord signé le 5 janvier 1272. Murviel est rapidement ajoutée à la mense épiscopale de Maguelone, faisant du village une seigneurie ecclésiastique relevant de l’évêque qui détient le pouvoir temporel comme n’importe quel seigneur féodal.

Au XIV^e siècle, malgré les épreuves (peste, guerre de Cent Ans), le château de Murviel demeure. Ce n’est qu’avec la Guerre des Religions opposant protestants et catholiques qu’il sera mis à mal : mal défendu car peu occupé, le château de Murviel est incendié partiellement en 1562. En 1591, l’évêque de Montpellier, Antoine de Subjet, décide de transférer le château de Murviel à Pierre de Griffy (dont le nom apparaît en tête du Compoix de 1601 conservé à la Mairie de Murviel), moyennant 300 écus et la promesse de restaurer l’édifice dans un délai de 5 ans. La promesse n’ayant pas été tenue, le château de Murviel est repris par l’évêque Jean de Garnier en 1605.

Au XVII^e siècle, une expertise du château est commandée par l’évêque mais en raison de son coût trop onéreux, la restauration n’aura jamais lieu. Seul le bastion  sud-ouest est réaménagé (voûtement des caves et création d’un appartement au premier étage) afin d’y installer le presbytère. A partir du XVIII^e siècle, le château est progressivement démantelé, parfois jusqu’à l’arasement complet de certains secteurs : les pierres sont récupérées par les habitants et même vendues par adjudication.

Le village médiéval de Murviel possède également une église, dont la première mention date de 1080, sous l’invocation de Saint Jean-Baptiste. D’après les mentions faites dans le cartulaire de Gellone aux XI^e et XII^e siècles, le prieuré de Murviel serait une fondation des moines de Gellone, puis serait passé aux mains des évêques de Maguelone dans la deuxième moitié du XIIe siècle. La partie la plus ancienne de l’édifice, l’abside romane, a sans doute été construite à la fin du XII^e siècle.

L’église de Murviel est ainsi à la fois une église castrale (c’est-à-dire l’église du castrum de Murviel) et une église castellane puisqu’incorporée dans les structures du château fort (castellum). Si l’on attribue historiquement la construction de l’église au chapitre de Maguelone, il n’est pas impossible qu’elle soit l’œuvre d’un des seigneurs de Murviel lié à la famille des Guilhems de Montpellier.

L’église Saint Jean-Baptiste de Murviel devient, après la guerre des Religions, l’église paroissiale, suite à l’abandon d’un second édifice de culte situé en dehors du castrum dédié à Saint Julien (dont le souvenir est perpétué par le tènement actuel de Saint Julia au milieu des vestiges de la ville basse gallo-romaine), complètement détruit au XVIIe siècle. L’église Saint Jean-Baptiste est à de multiples reprises remaniée au cours des siècles suivants (construction de la nef et agrandissement, clocher, tribune, chapelles). En 1932-1933, le clocher est reconstruit puis l’église rénovée en 1944 pour lui rendre son aspect originel.